免疫系统中所有的细胞都来源于造血干细胞，系统性红斑狼疮患者异常的细胞到底是由于干细胞异常还是子代细胞受损还不十分清楚。近年来有学者提出“自身免疫病是造血干细胞病”学说，并认为干细胞异常是原发性缺陷，但另有学者认为是继发性缺陷。1996年意大利学者Marmont首先报道用自体骨髓移植治疗重症红斑狼疮（重症红斑狼疮）取得成功。此后，国内外迅速开展了自体外周血干细胞移植和自体骨髓移植治疗重症红斑狼疮取得了较好的疗效。造血干细胞移植能使部分患者达到病情控制，抗体滴度下降，病情处于长期缓解。但存在费用高、并发症多、病情复发率高达40%～50%，不能被常规使用。  近年来对骨髓间充质干细胞的深入研究，发现骨髓间充质干细胞有多种免疫调节作用，它不仅能支持造血，还能抑制抗体的产生，修复损伤的组织。近年研究发现，系统性红斑狼疮患者存在骨髓间充质干细胞的异常。因此，提出了“系统性红斑狼疮是骨髓间充质干细胞病”的学说。所以，可以采用异体骨髓间充质干细胞移植治疗系统性红斑狼疮。异体骨髓间充质干细胞移植具有没有排斥反应的优点，而且费用也只有造血干细胞移植的1/10。

2007年南京鼓楼医院风湿科用异体骨髓或脐带间充质干细胞移植治疗重症红斑狼疮取得较好疗效，至今已完成40多例。特别脐带来源的间充质干细胞用于重症红斑狼疮治疗，疗效肯定，未见不良反应。长期随访许多患者没有复发或病情长期缓解，即使移植后系统性红斑狼疮又复发，但病情相对较轻，且较易控制，激素和免疫抑制剂用量较小。目前我国间充质干细胞移植治疗自身免疫病的研究处于国际领先水平。至今，国内已有北京、河南、河北、广州等地开展干细胞移植治疗自身免疫病的工作间充质干细胞移植。

间充质干细胞移植治疗难治性系统性红斑狼疮已作为国家11.5科技支撑项目系统性红斑狼疮的临床诊断、综合治疗的研究子课题和江苏省科技发展研究项目立项，江苏省研究协作组已经制定研究方案，近期将全面启动，预期将为难治性系统性红斑狼疮的治疗摸索出有效的方案，造福系统性红斑狼疮患者。